FONTAGRO fue creado en 1998 con el objetivo de contribuir al manejo sostenible de los recursos naturales, la mejora de la competitividad y la reducción de la pobreza mediante el desarrollo de tecnologías e innovaciones de relevancia para la sociedad de sus países miembros.

Se inició con donaciones especiales del Centro Internacional de Investigaciones para el Desarrollo (CIID) del Canadá y el BID en 1998, que permitieron su constitución y la ejecución de sus primeros proyectos, y las contribuciones al capital de los países miembros.

A lo largo de su historia ha tenido un rol más preponderante como mecanismo de cooperación entre países más que un financiador tradicional de investigación para el desarrollo.