El desarrollo de nuevas iniciativas son apoyadas a través de fondos semilla. Estos fondos son aportes especiales para desarrollar proyectos de envergadura, para colaborar técnica y financieramente con estudios estratégicos en temas prioritarios para la región.
A continuacion se enumera una lista de fondos semillas:
Fondos semilla 
FTG/RF-15069-RG Intensificación sostenible de la lechería
FTG/RF-14862-RG Competitividad Quinoa Peru y Bolivia  (CIRNMA)
FTG/RF-14863-RG Innovaciones en TICs  (INTA AR)
FTG/RF-15126-RG C FTG-PROADAPT (INTA, AR)
FTG/RF-15563-RG Bioeconomia
RG-T2888 Intensificación y diversificación de sistemas de producción hortícola bajo condiciones protegidas para pequeños productores
RG-T2889 Lineamientos de una estrategia para el fortalecimiento de capacidades en países miembros de FONTAGRO
RG-T2890 Bases para el desarrollo de una plataforma para la evaluación y seguimiento de proyectos